由本室研究员任项目首席科学家的973计划重要科学前沿项目“海洋微生物次生代谢的生理生态效应及其生物合成机制（2010CB833800）”于2009年获批立项、2010年开始执行。项目为我国海洋微生物研究领域第一个973项目，也是南海海洋研究所为主持单位的首个973项目。

根据项目研究内容的性质、关联度和学科特点，设置5个课题，南海海洋研究所主持“特色海洋微生物资源的发掘及其生物多样性的研究（2010CB833801）”和“海洋微生物次生代谢的生物合成机制（2010CB833805）”2个课题，参加“海洋微生物的化学生态学效应及其机制（2010CB833803）”1个课题，详细如下表：

项目自启动以来，紧密围绕“海洋微生物的特有次生代谢过程及其生物学意义”关键科学问题，各课题配合紧密，工作状态积极，研究重点突出、进展顺利，取得了一系列国际领先水平的重要研究成果：揭示了特殊海洋环境微生物多样性及其次生代谢产物特征，获取了一批新物种、新基因及生物活性先导化合物资源；发现了特殊环境次生代谢产物生理生态效应的新功能，阐明了一系列新颖次生代谢产物的生物合成机制，开发了特色海洋微生物组合生物合成新技术；打造了一支海洋微生物领域的高水平研究队伍，提升了我国海洋微生物研究的整体水平。