（1）秦启伟研究员团队和中国科学院长春应用化学研究所王宏达研究员团队在研究海洋病毒进入方面进行合作研究，成功合作申请国家自然基金重点项目“在单病毒粒子水平研究石斑鱼虹彩病毒SGIV侵染宿主细胞的机制”。目前研究团队利用荧光标记病毒技术，在活细胞内监测了病毒的运动轨迹，并结合生化分子生物学技术鉴定SGIV的进入机制。首次揭示虹彩病毒进入宿主细胞不仅需要网格蛋白介导的内吞作用，而且需要巨胞饮过程的参与，并总结出虹彩病毒SGIV进入模式。该合作研究成果已于近日被国际病毒学研究领域的的顶级期刊Journal of Virology正式接受发表。

（2）由鞠建华研究员承担的国家高技术研究发展计划(863计划)项目 (2012AA092104)“深海微生物活性物质的挖掘及其利用技术”，与来自中国海洋大学、中国科学院海洋研究所、华南理工大学、深圳大学、中国科学院沈阳应用生态研究所、广东省微生物研究所以及中国医学科学院药物研究所进行合作开展研究，目前已分离并保藏767株深海微生物，发现2个新属级分类单元，鉴定并发表重要功能微生物新物种3株。发酵药用活性和生态活性深海微共47株；分离鉴定代谢产物300个以上，新结构化合物100余个；其中新骨架3个（有效发表2个）。筛选发现获得45个药用活性化合物和41个具有生态活性化合物；确定2个可供成药性评价的药物先导化合物和1个可供进一步开发利用的生态活性化合物。建立6个生产菌遗传操作系统，克隆8个海洋微生物次生代谢产物的关键合成酶基因。获得5个生物活性先导化合物生物合成途径，建立深海微生物特征的代谢工程和组合生物合成技术平台。从深海微生物中优选出产酶菌株7株，分离纯化具有应用价值的蛋白酶、氧化-还原酶或水解酶6种，并对其中的2种进行酶学性质和应用的初步研究。已发表论文46篇，其中SCI收录39篇，申报专利27项，授权1项。

（3）张长生研究员科研小组与德国马尔堡大学李书明教授领导的科研小组共同申请的中德合作科研项目(PPP)获得资助，项目为期两年（2013年-2014年），双方就细菌和真菌吲哚萜类化合物生物合成的分子和生化基础开展合作研究。项目开展以来，双方研究人员进行了互访交流和科研合作，2013年5月-7月，李慧贤博士后和张庆波博士赴德进行为期三个月的学习和科研合作。9月-10月，德方的李书明教授、博士生Nina和Julia来我所访问交流和开展课题研究，李书明教授还在我所作了学术报告，进行学术交流。11月-12月，张长生研究员赴德交流访问，并作学术报告。2013年11月到2014年1月，陈瑞东博士生赴德开展合作课题研究。目前科研项目的合作开展顺利进行，构建了细菌吲哚萜类化合物生物合成关键酶的基因缺失突变株，并克隆了真菌中的相关基因，下一步的工作是将真菌的相关基因导入细菌突变株中，以期对缺失的基因进行互补，获得新型的吲哚倍半萜类化合物，利用组合生物合成技术，实现真菌与细菌吲哚萜类生物碱生物合成基因之间的“对话”。 

（4）黄晖研究员长期与俄罗斯科学院远东分支海洋生物研究所的Eduard Titlyanov教授和Tamara Titlyanova博士进行学术合作， Eduard Titlyanov是研究所的首席教授，曾担任过研究所副所长，主要从事珊瑚礁生态学研究。Tamara Titlyanova博士是大型海藻分类学专家。两人在珊瑚礁生态学与大型海藻分类学及生态学方面颇有建树。自2008年开始，俄罗斯科学院远东分支海洋生物研究所与中国科学院南海海洋研究所不仅签订合作备忘录（Agreement For Scientific Cooperation，已延续至2023年），而且Eduard Titlyanov教授和Tamara Titlyanova博士于2008年9月还首次去三亚与重点实验室黄晖研究员和李秀保副研究员开展实质性合作研究，合作研究内容主要是：海南岛珊瑚礁区大型海藻的分类学、生态学和珊瑚礁生态，填补了近20年这方面研究的不足和空白。近几年，Eduard Titlyanov教授和Tamara Titlyanova博士于2009年3月、2010年4月、11月、2012年1月和2014年4月多次访问三亚，并与实验室科研人员展开合作研究，目前已发表合作论文5篇。期间，共2次获得中国科学院与俄乌白三国科技合作专项（2010和2013-1439）。目前，李秀保副研究员于2014年8月15日开始在俄方科研人员实验室访问，并开展合作研究。此次合作的重点内容是编写一本有关海南岛大型海藻的专著。近几年的合作研究，不仅填补了海南岛珊瑚礁区大型海藻分类学研究不足，还有力的培养和带动了中方年轻科研人员的成长。